Il gioco comincia con un'introduzione ai XIII, un uomo incappucciato vestito di nero che fa' di Roxas un membro dell'Organizzazione. Il problema è che Roxas non ricorda nulla fino ad allora e non parla. Con il passare dei giorni comincia a legarsi ad Axel, che gli insegna il "lavoro", con il quale ha cominciato a mangiare un gelato salmatro sulla torre dell'orologio di Crepuscopoli a fine giornata. Ai XIII si aggiunge un membro XIV: Xion, che all'inizio, come Roxas, non parla e si presenta all'inizio incappucciata e stranamente, come lui, sa usare la keyblade. Con l'andare del tempo i tre diventano "amici per la pelle", parole grosse per dei Nessuno, e continuano a prendere i gelati in cima alla Torre. Roxas, il protagonista, comincia pian piano ad avere dei "flash" dei ricordi di Sora, durante le notti e le missioni che l'Organizzazione gli affida: deve raccogliere Cuori sconfiggendo gli Heartless, per arrivare così a Kingdom Hearts e avere così un cuore, scopo finale sia di Roxas, che Xion e apparentemente di Axel. Anche Xion ha questa capacità: entrambi vengono definiti dei "Nessuno speciali", frase che fa' riflettere entrambi. Axel viene mandato da Saix al Castello dell'Oblio e sta via per qualche giorno, mentre il legame tra Roxas e Xion si rafforza.....