Shinichi Kudo è un liceale di sedici anni (diciassette nel corso della serie) e, nonostante la giovane età, è un abilissimo investigatore che collabora spesso con la polizia, risolvendo casi molto intricati. Grande fan di Sherlock Holmes, sogna di emularne le imprese e di diventare lo "Sherlock Holmes del terzo millennio". Un giorno, recatosi con l'amica d'infanzia Ran Mouri ad un parco di divertimenti, assiste ad un sanguinoso caso di omicidio sulle montagne russe, riuscendo alla fine a risolverlo e a scovare il colpevole. Prima di tornare a casa assiste ad uno scambio d'affari sospetto tra due uomini vestiti completamente di nero, membri di una misteriosa "Organizzazione criminale". Preso da ciò che stava accadendo davanti ai suoi occhi, Shinichi non si accorge dell'arrivo di un altro membro alle sue spalle, e finisce col venire scoperto e catturato; essendo un testimone scomodo, i due uomini decidono di ucciderlo somministrandogli un veleno sperimentale chiamato Apotoxin-4869 (APTX 4869) che, invece di ucciderlo, lo ringiovanisce di 10 anni.

Riuscito a sfuggire ai rapitori, Shinichi si rifugia dal suo migliore amico, il professor Hiroshi Agasa e, seguendo il suo consiglio, decide di nascondere la sua identità ai conoscenti di Shinichi per evitare che gli uomini in nero scoprano che è ancora in vita. Perciò, quando Ran chiede al giovane il nome, Shinichi inventa sul momento il nominativo di Conan Edogawa, prendendo spunto da alcuni libri di Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa che scorge su una libreria. Il professore Agasa suggerisce al ragazzo di trasferirsi a casa di Ran e di suo padre, Kogoro Mouri, un detective non molto dotato.

Da questo momento in poi Conan risolverà tutti i casi che verranno affidati a Kogoro.